El Departamento de Protección Civil se encarga de dirigir y coordinar la elaboración, establecimiento y operación de los Programas Internos de Protección Civil en las Unidades Administrativas, Unidades Académicas, Órganos de Apoyo y Organismos Auxiliares, proporcionando asesoría para el desarrollo, establecimiento, operación y difusión de las Unidades Internas y de los Programas Internos de Protección Civil del Instituto.